Satoru Iwata sinh ngày 6 tháng 12 năm 1959, và lớn lên ở Sapporo, Nhật Bản, nơi cha của ông từng là một vị quan chức tỉnh.[1][2] Trong suốt thời gian học trung học cơ sở và trung học phổ thông, Iwata đã thể hiện kỹ năng lãnh đạo thông qua việc làm lớp trưởng, chủ tịch hội học sinh và chủ tịch câu lạc bộ tại nhiều thời điểm. [2] Trải nghiệm đầu tiên của ông với máy tính là ở trường trung học với một chiếc máy tính demo sử dụng đường dây điện thoại. Iwata thường xuyên đi học bằng tàu điện ngầm Sapporo và chơi một trò chơi số học đơn giản, gọi là Trò chơi 31 , cho đến khi ông trở nên thành thạo. [3] Với số tiền tiết kiệm được từ công việc rửa bát đĩa và một số khoản phụ cấp từ cha mình, Iwata đã mua HP-65, máy tính được lập trình đầu tiên, vào năm 1974. Sau khi vào Hokkaido Sapporo South High School vào tháng 4 năm 1975, anh bắt đầu phát triển các trò chơi của riêng mình trong năm học cấp 2. [4] Một số trò chơi số đơn giản mà Iwata đã sản xuất, chẳng hạn như Volleyball và Missile Attack, sử dụng máy tính điện tử mà ông dùng chung với các bạn cùng trường. [4] [5]

Khi ông có được chiếc máy tính đầu tiên của mình, Commodore PET, vào năm 1978. [4] Ông đã tháo nó ra và nghiên cứu chiếc máy với mong muốn hiểu nó. Máy tính tình cờ có một bộ xử lý trung tâm (MOS 6502) tương tự như cái được Nintendo sử dụng cho Nintendo Entertainment System (NES), một máy chơi trò chơi điện tử mà sau này ông ấy sẽ phát triển trò chơi cho nó.[6][7] Sau khi tốt nghiệp trung học, Iwata được nhận vào Học viện Công nghệ Tokyo vào tháng 4 năm 1978, nơi anh theo học chuyên ngành khoa học máy tính.[4][5][8] Tomohiko Uematsu, một giáo sư kỹ thuật, ghi nhận sự thành thạo của Iwata với khả năng lập trình phần mềm và nhận xét rằng Iwata có thể viết chương trình nhanh và chính xác hơn bất kỳ sinh viên nào khác của ông.[9]

Trong thời gian theo học tại trường, ông là một trong số những thực tập sinh không lương tạiCommodore Japan, hỗ trợ kỹ sư trưởng của công ty con — Yash Terakura [7] - về kỹ thuật vàphần mềm -development. [10] Một trong những lý do chính của ông khi nhận công việc này là dành nhiều thời gian hơn cho máy tính và tìm hiểu những chi tiết không được công khai.[7] [11] Terakura sau này đóng vai trò là người cố vấn cho Iwata, dạy ông về kỹ thuật phần cứng để bổ sung kiến thức phần mềm vốn đã sâu rộng của Iwata.[7] Iwata và một số người bạ đã thuê một căn hộ ở Akihabara và sớm thành lập một câu lạc bộ nơi họ sẽ tạo và viết mã các trò chơi.[12] Các bạn cùng lớp sống trong căn hộ gần đó gọi phòng của Iwata là "Trung tâm trò chơi Iwata" (Game Center Iwata).[nb 1][9] Ông thường xuyên khoe các trò chơi của mình với bộ phận máy tính của Seibu Department Store, và đến năm 1980, một nhóm nhân viên ở đó đã mời ông gia nhập công ty của họ, HAL Laboratory, Inc.[12][13][14]